El programa de Doctorado en Ciencias-Biología se realiza en convenio con reconocidas universidades extranjeras y el plan de estudios se elabora de acuerdo con las necesidades particulares de la investigación del estudiante. Para reconocer los avances en la investigación del estudiante se utilizará el sistema de créditos. Cada estudiante deberá aprobar como mínimo 32 créditos y someterse a un proceso de evaluación por jurados para culminar su área de investigación en el doctorado, la valoración final de la calidad de la tesis es el elemento más importante del programa. Las actividades que conforman el programa de doctorado están distribuidas en términos generales en: curso de análisis cuantitativo de datos, cursos propios del área de investigación del estudiante, curso electivo, seminarios de investigación, exámenes de conocimientos y candidatura, proyecto de tesis, tesis, pasantía, cursos de inglés y participación semanal en los seminarios del Departamento de Ciencias Biológicas.