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Investigación

Biología computacional

Biología Computacional y Ecología Microbiana


Edificio Ch

Laboratorio 201

(+57) 601 339 4949 Ext. 3799

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BCEM
Colaboración con Ingeniería

BCEM está enfocado principalmente en entender las relaciones entre microorganismos, incluyendo sus virus asociados, en diversos ambientes. Para este fin empleamos técnicas de punta en las áreas genómicas y metagenómicas que se complementan con desarrollos en biología computacional para el análisis de los datos. En el proceso de caracterización de estos ambientes microbianos estamos interesados en particular en desarrollar nuevos métodos computacionales que permitan una mejor clasificación taxonómica de los individuos presentes basados en sus secuencias de ADN o su contenido génico.

Como modelo de investigación, inicialmente nos centramos en la caracterización de la microbiota asociada al intestino humano, la cual representa un ambiente ideal ya que la densidad microbiana lleva a complejas interacciones que pueden ser manipuladas con cambios ambientales y de dieta. Estas alteraciones no solo tienen un efecto importante en la comunidad microbiana sino también en el hospedero humano. El manejo y experiencia con estas herramientas nos permite adicionalmente realizar colaboraciones con una gran cantidad de grupos (tanto nacionales como internacionales) que trabajan con una diversidad de datos “ómicos”.

Investigación y experiencia

  • Análisis de comunidades microbianas
  • Uso de técnicas de secuenciación NGS
  • Metagenómica y Metabarcoding
  • Visualización de datos
  • Ensamblaje y anotación de genomas
  • Análisis de expresión diferencial de genes
  • Análisis diferencial de abundancias
  • Programación en Python, R

Investigador

Juan Armando Sánchez
Alejandro Reyes
Director

Grupo de Investigación en Biología Matemática y Computacional


Edifio ML

Sala Y101

(+57) 601 339 4949 Ext. 1822

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BIOMAC

En BIOMAC aplicamos herramientas matemáticas y computacionales para modelar sistemas biológicos y afines, por medio de simulaciones de modelos que permiten entender y reproducir comportamientos observados e hipotéticos.

Realizamos nuestra investigación con base en sistemas dinámicos y capturamos los cambios de variables a través de sistemas de ecuaciones diferenciales, sistemas determinísticos o probabilísticos y sistemas estocásticos. La parametrización de los modelos para nuestros proyectos se lleva a cabo por medio de trabajo de campo, en el laboratorio o basados en la literatura. Gracias a estos modelos, es posible entender los procesos detrás de procesos complejos que involucran variables biológicas, médicas y sociales: Los modelos y la toma de datos campo son el laboratorio en el BIOMAC.

Investigación y experiencia

  • Fisiología matemática: se desarrollan trabajos en neurociencias computacionales y modelación matemática de los sistemas cardiovascular y respiratorio
  • Evolución de patógenos: se desarrollan modelos computacionales orientados a entender como las condiciones ecológicas tienen un efecto en la evolución y estructura genética de patógenos
  • Eco-epidemiología: se desarrollan trabajos de investigación en la dinámica del envenena-miento por mordeduras de serpiente y de transmisión de enfermedades infecciosas como el Chagas, Leishmaniasis y Dengue en Colombia
  • Modelado de eventos de atención en salud

Investigador

Mauricio Santos
Mauricio Santos
Director