Profesores

Alejandro Reyes

Profesor Asociado
Microbiólogo y M.Sc en Ciencias Biológicas de la Universidad de los Andes
Ph.D. en Biología Computacional y de Sistemas de Washington University en San Luis, MO, Estados Unidos.

Intereses:

Aplicar la Biología Computacional en el desarrollo de herramientas para el análisis de datos derivados de tecnologías actuales de estudios ómicos (genómicos, transcriptómicos, metabolómicos, etc) para la caracterización de las comunidades microbianas y sus interacciones con el medio ambiente. Incluyendo comunidades asociadas al humano y sus consecuencias en salud.

    • Oficina: Edificio CH 201
    • Extensión: 2763
    • E-mail: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
    • Web grupo de investigación: https://bcem.uniandes.edu.co/
    • Alves JMP, de Oliveira AL, Sandberg TOM, Moreno-Gallego JL, de Toledo MAF, de Moura EMM, Oliveira LS, Durham AM, Mehnert DU, Zanotto PMA, Reyes A*, Gruber A *. GenSeed-HMM: A tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data. Frontiers in Microbiology (2016) Mar 4;7:269. doi: 10.3389/fmicb.2016.00269. eCollection 2016.

      * Ambos autores correspondientes.
    • Reyes A, Blanton L. V., Cao S. Zhao G, Manary M, Trehan I, Smith M.I., Wang D, Virgin H.W, Rohwer F, Gordon J.I. Gut DNA viromes of Malawian twins discordant for severe acute malnutrition. PNAS (2015), Sept 22; 112(38):11941-11946. doi: 10.1073/pnas.1514285112
    • Reyes A, McNulty N, Wu M, Rohwer F, Gordon JI. Gnotobiotic mouse model of phage-bacterial host dynamics in the human gut. PNAS (2013) Dec 10;110(50):20236-41. doi: 10.1073/pnas.1319470110. Epub 2013 Nov 20.
    • Forsberg KJ.†, Reyes A†, Wang B, Selleck EM, Sommer MOA, Dantas G. The Shared Antibiotic Resistome of Soil Bacteria and Human Pathogens. Science (2012) 337 (6098): 1107-1111.

      † Ambos autores contribuyeron igualmente
    • Reyes A, Semenkovich NP, Whiteson K, Rohwer F, Gordon JI. Going viral: next-generation sequencing applied to phage populations in the human gut. Nat Rev Microbiol. (2012) Aug 6;10(9):607-17.
    • Reyes A, Sandoval A, Cubillos-Ruiz A, Varley KE, Hernández-Neuta I, Samper S, Martín C, García MJ, Ritacco V, López L, Robledo J, Zambrano MM, Mitra RD, Del Portillo P. IS-seq: a novel high throughput survey of in vivo IS6110 transposition in multiple Mycobacterium tuberculosis genomes. BMC Genomics. (2012) Jun 15;13:249.
    • Reyes A, Haynes M, Hanson N, Angly F, Heath A, Rohwer F, Gordon JI. Metagenomic analysis of viruses in the fecal microbiota of monozygotic twins and their mothers. Nature. (2010) Jul 15;466(7304):334-8.

Alfredo Uribe Ardila

Profesor Asistente   
Ph D. en Ciencias-Biología, Universidad de los Andes Bogotá, Colombia, 2015.

Intereses:

Aplicar la Biología Computacional en el desarrollo de herramientas para el análisis de datos derivados de tecnologías actuales de estudios ómicos (genómicos, transcriptómicos, metabolómicos, etc) para la caracterización de las comunidades microbianas y sus interacciones con el medio ambiente. Incluyendo comunidades asociadas al humano y sus consecuencias en salud.

    • Oficina: Edificio M - piso 3
    • Extensión: 2782
    • E-mail: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
    • Web grupo de investigación: #
    • Niño, M., Mateus, H., Fonseca, D.Y., Kross, M., Ospina, S., Mejia, J.F., URIBE, A., Reuser, A., Laissue, P. “Identification and Functional Characterization of GAA Mutations in Colombian Patients Affected by Pompe Disease. Journal Inherited Metabolic Disease Reports. DOI: 10.1007/8904-2012-138ISSN: 2192-8304 y 1573-2665 (versión electrónica). Pag 39-48 vol.7, 2012.
    • Pacheco, N; URIBE, A. “Enzymatic analysis of biomarkers for the monitoring of Gaucher patients in Colombia”. GENE. https://pubag.nal.usda.gov ISSN: 0378-1119. Pag 129-135 vol. 521 N.121 (1), marzo 2013.
    • URIBE, A, Giugliani, R. “Selective screening for lysosomal storage disease with dried blood spots collected on filter paper in 4.700 High-Risk Colombian Subjects”. Journal Inherited Metabolic Disease Reports Vol(11). DOI 10.1007/8904_2013_229. Pag107-116. ISSN: 1573-2665 (abril 13/2013).
    • Galvis, J., González, J., URIBE, A., & Velasco, H. . Deep Genotyping of the IDS Gene in Colombian Patients with Hunter Syndrome. Journal Inherited Metabolic Disease Reports. DOI 10.1007/8904_2014_376. ISSN: 2192 – 8304. The online version of this chapter (doi:10.1007/8904_2014_376). February, 2015.


 

 

 

 

Andrew J. Crawford

Profesor Asociado
Dual BA in German & Zoology, University of California, Berkeley.  PhD in Evolutionary Biology, University of Chicago.

Intereses:

Our group, Biom|ics (aka, Crawford Lab) is active in Biodiversity Sciences, with an emphasis on evolutionary genetic approaches to unraveling the 'tangled bank' that is Neotropical diversity. To better characterize this diversity and understand the processes that have generated (& reduced) it, we use phylogeography, phylogenetics, comparative biology, DNA barcoding, niche modeling and transcriptomics. We are also active in the taxonomy and conservation of amphibians, and studying the history and consequences of the chytrid pathogen. Lab members work on mostly on amphibians, but also on reptiles, Drosophila, corals, and other organisms.   

    • Oficina: Edificio IP-Piso 2
    • Extensión: 3270
    • E-mail: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
    • Web grupo de investigación: http://facciencias.uniandes.edu.co/
    • Paz A, Ibáñez R, Lips KR, Crawford AJ (2015) Testing the role of ecology and life history in structuring genetic variation across a landscape: A trait-based phylogeographic approach. Molecular Ecology 24, 3723-3737. PDF. DOI:10.1111/mec.13275. Data online via Dryad at DOI:10.5061/dryad.t430k
    • Muñoz-Ortiz A, Velásquez-Álvarez AA, Guarnizo CE, Crawford AJ (2015) Of peaks and valleys: testing the roles of orogeny and habitat heterogeneity in driving allopatry in mid-elevation frogs (Aromobatidae:Rheobates) of the northern Andes. Journal of Biogeography, PDF with SOM. DOI:10.1111/jbi.12409
    • Pinto-Sánchez NR, Crawford AJ, Wiens JJ (2014) Using historical biogeography to test for community saturation. Ecology Letters 17, 1077-1085. PDF. All supplementary tables and figures in one combined SOM PDF. DOI:10.1111/ele.12310
    • Pinto-Sánchez NR, Ibáñez R, Madriñán S, Sanjur OI, Bermingham E, Crawford AJ (2012) The Great American Biotic Interchange in frogs: Multiple and early colonization of Central America by the South American genus Pristimantis (Anura: Craugastoridae). Molecular Phylogenetics and Evolution 62, 954-972.PDF. Supplementary Tables S1 & S2. DOI:10.1016/j.ympev.2011.11.022
    • Crawford AJ, Lips KR, Bermingham E (2010) Epidemic disease decimates amphibian abundance, species diversity, and evolutionary history in the highlands of central Panama. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 107, 13777-13782. DOI:10.1073/pnas.0914115107





 

Andrés Link

Profesor Asociado
2011 – Ph.D. en Antropología Biológica, New York University, New York, USA
2005 – Maestría en Antropología Biológica, New York University, New York, USA
2000 – Pregrado en Biología, Universidad de Los Andes, Bogotá, Colombia
1999 – Pregrado en Ingeniería Industrial, Universidad de Los Andes, Bogotá, Colombia .

Intereses:

.Ecología y comportamiento de primates del nuevo mundo con énfasis en la evolución de sus sistemas sociales.

.Ecología molecular y filogeografía de primates del nuevo mundo

.Efectos de la degradación y fragmentación de los hábitats naturales sobre las poblaciones de primates y mamíferos medianos y grandes en el Magdalena Medio.

.Reconstrucción paleoecológica de la comunidad biológica del Mioceno medio de La Venta, con énfasis en la evolución de primates del nuevo mundo.

    • Oficina: Edificio SD - 935
    • Extensión: 2346
    • E-mail: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
    • Web grupo de investigación: https://frutos.uniandes.edu.co/
    • De Luna AG, Link A, García Y. (2016). Behavior and ecology of white-footed tamarins (Saguinus leucopus) in a fragmented landscape of Colombia: Small bodied primates and the maintenance of Neotropical forest dynamics. Tropical Conservation Science 9: 788-808.
    • Rimbach R, Disanzio D, Galvis N, Link A, Di Fiore A, Gillespie TR. (2015) Distinct social networks for transmission of parasites in brown spider monkeys (Ateles hybridus). Philosophical Transactions of the Royal Society 370: 20140110
    • Link A, Di Fiore A. (2013). Effects of predation risk on subgroup size and composition in white bellied spider monkeys (Ateles belzebuth). American Journal of Physical Anthropology 150: 579-590.
    • Link A, Di Fiore A, Spehar S. (2009). Female-directed aggression and social control in spider monkeys. In: Male aggression against females in primates. Muller, M., & Wrangham R.H. (Eds). Harvard University Press.
    • Link A, Di Fiore A. (2006). Seed dispersal by spider monkeys and its importance in the maintenance of neotropical rain-forest diversity. Journal of Tropical Ecology 22: 335-346



 

Barbara Hanna Zimmermann

Profesora Asociada   
Ph.D. in Biological Chemistry, University of Michigan (AnnArbor), 1988

Intereses:

Our research group, Bioquimica y Biologia Molecular de Parasitos(BBMP), is interested in defining the roles played by nucleotide metabolic pathways in parasites and other organisms during different stages of growth, and to characterize potential enzymatic targets for drug development.  

    • Oficina: Edificio M - piso 3
    • Extensión: 3374
    • E-mail: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.
    • Web grupo de investigación: https://zimmermannlab.uniandes.edu.co/

    • Hortua-Triana, M. A., Cajiao, D., Zimmermann, B. H., Fox, B.A., Bzik, D. J. Pyrimidine pathway dependent and independent functions of the Toxoplasma gondii mitochondrial dihydroorotate dehydrogenase. Manuscript number IAI00187-16R2, Infections and Immunity, 2016 Aug 1. pii: IAI.00187-16.
    • Garavito M. F., Narváez-Ortiz H. Y., Zimmermann B. H. Pyrimidine Metabolism: Dynamic and Versatile Pathways in Pathogens and Cellular Development. (2015) J Genet Genomics. 42:195-205.
    • Bayona, L. G., Garavito, M. F., Lozano, G. L., Vasquez, J. J., Myers, K., Fry, W. E., Bernal, A., Zimmermann, B. H., Restrepo. S. De novo pyrimidine biosynthesis in the oomycete plant pathogen Phytophthora infestans. (2014) Gene 537:312-321.
    • Hortua Triana, M. A., Huynh M.-H., Garavito, M.F., Carruthers, V.B., Fox, B., Bzik, D.J., Loffler, M., Zimmermann, B. H., I Biochemical and molecular characterization of the pyrimidine biosynthetic enzyme dihydroorotate dehydrogenase from Toxoplasma gondii (2012) Molec Biochem Parasitol 184:71-81.