Diego Javier Jimenez Avella
dj.jimenez @uniandes.edu.co
Profesor Asistente
Departamento de Ciencias Biológicas
Duration: 36 months
PR.3.2018.5287
Con este proyecto de investigación se pretende mejorar el entendimiento eco-enzimológico microbiano de la degradación de biomasa vegetal con el fin de generar estrategias para el aumento de la eficiencia en la sacarificación de residuos agrícolas. En términos generales, en este proyecto se desarrollarán tres módulos de investigación (ver propuesta) divididos en seis temas de investigación (descritos a continuación). Cada uno de ellos contiene diferentes objetivos, hipótesis y preguntas de investigación específicas que se abordarán entre del mes 1 al 36. Estos temas serán la base para la conformación y consolidación del grupo MICROBIO (MICRObiomas y BIOenergía) y el fortalecimiento de sus líneas de investigación dentro del Departamento de Ciencias Biológicas. Además, serán el punto de partida para: i) La formación académica y científica de estudiantes de pregrado y posgrado; ii) La generación de los productos de investigación estipulados; iii) La formulación de nuevas propuestas de investigación para la adquisición de recursos económicos externos a la Universidad; iv) El establecimiento de una red de colaboración con actores nacionales del sector productivo y academico.TEMAS DE INVESTIGACIÓN:Módulo 1. Construcción/análisis de consorcios microbianos lignocelulolíticos y exploración (meta)ómica1) Construcción y caracterización de un consorcio mínimo eficiente (CME) capaz de degradar biomasa vegetal.2) Exploración (meta)genómica de enzimas involucradas en la transformación de lignocelulosa en diferentes organismos y/o microbiomas.Módulo 2. Estudios de genómica y transcriptómica en Coniochaeta ligniaria3) Exploración de LPMOs (lytic polysaccharide monooxygenases) y/o (hemi)celulasas en genomas de Coniochaeta sp. y comparación con otros hongos. 4) Análisis transcriptómico del hongo Coniochaeta ligniaria 2t2.1 cultivado en diferentes fuentes de carbono.Módulo 3. Estrategias para mejorar la sacarificación de residuos agrícolas5) Estudio de las dinámicas e interacciones microbianas, y producción a mediana escala de un coctel enzimático, a partir de las proteínas extracelulares secretadas por el CME.6) Expresión heteróloga de enzimas lignocelulolíticas provenientes del genoma de Coniochaeta ligniaria u otros organismos.
Duration: 42 months
PR.6.2016.3767
Una de las enfermedades que conlleva pérdidas en los cultivos de yuca es el añublo bacteriano causado por Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam). Desde 1990 se han realizado diferentes estudios analizando la diversidad genética de las poblaciones de Xam y se reportó alta diversidad poblacional y cambio rápido en el tiempo. La alta diversidad de Xam ha conllevado a la pérdida de resistencia de las variedades de yuca cultivadas y a la necesidad de desarrollar nuevas estrategias para controlar la enfermedad. Además, los estudios muestran la importancia de analizar continuamente las dinámicas poblaciones. El objetivo de este estudio es utilizar análisis de repeticiones en tándem de número variable (VNTRs) para caracterizar poblaciones de Xam y analizar si se conserva alta diversidad de poblaciones en la localidad de Chinú-Colombia. Para desarrollar el estudio, las cepas de Xam colectadas en la localidad de Chinú durante el 2014 y las cepas más diversas encontradas en los estudios de los 90s y 2008 a 2010, serán analizadas utilizando primers para amplificar 4 loci minisatelites y 18 loci microsatélites. Los resultados del proyecto permitirán evaluar la técnica de VNTRs previamente estandarizada y analizar la diversidad de Xam en el tiempo en la localidad de Chinú.
Duration: 36 months
PR.3.2018.5287
Con este proyecto de investigación se pretende mejorar el entendimiento eco-enzimológico microbiano de la degradación de biomasa vegetal con el fin de generar estrategias para el aumento de la eficiencia en la sacarificación de residuos agrícolas. En términos generales, en este proyecto se desarrollarán tres módulos de investigación (ver propuesta) divididos en seis temas de investigación (descritos a continuación). Cada uno de ellos contiene diferentes objetivos, hipótesis y preguntas de investigación específicas que se abordarán entre del mes 1 al 36. Estos temas serán la base para la conformación y consolidación del grupo MICROBIO (MICRObiomas y BIOenergía) y el fortalecimiento de sus líneas de investigación dentro del Departamento de Ciencias Biológicas. Además, serán el punto de partida para: i) La formación académica y científica de estudiantes de pregrado y posgrado; ii) La generación de los productos de investigación estipulados; iii) La formulación de nuevas propuestas de investigación para la adquisición de recursos económicos externos a la Universidad; iv) El establecimiento de una red de colaboración con actores nacionales del sector productivo y academico.TEMAS DE INVESTIGACIÓN:Módulo 1. Construcción/análisis de consorcios microbianos lignocelulolíticos y exploración (meta)ómica1) Construcción y caracterización de un consorcio mínimo eficiente (CME) capaz de degradar biomasa vegetal.2) Exploración (meta)genómica de enzimas involucradas en la transformación de lignocelulosa en diferentes organismos y/o microbiomas.Módulo 2. Estudios de genómica y transcriptómica en Coniochaeta ligniaria3) Exploración de LPMOs (lytic polysaccharide monooxygenases) y/o (hemi)celulasas en genomas de Coniochaeta sp. y comparación con otros hongos. 4) Análisis transcriptómico del hongo Coniochaeta ligniaria 2t2.1 cultivado en diferentes fuentes de carbono.Módulo 3. Estrategias para mejorar la sacarificación de residuos agrícolas5) Estudio de las dinámicas e interacciones microbianas, y producción a mediana escala de un coctel enzimático, a partir de las proteínas extracelulares secretadas por el CME.6) Expresión heteróloga de enzimas lignocelulolíticas provenientes del genoma de Coniochaeta ligniaria u otros organismos.