Alejandro Reyes Muñoz

Home / Professors / Alejandro Reyes Muñoz
Alejandro Reyes Muñoz

Alejandro Reyes Muñoz

Philosophiae Doctoris In Scientiis Biologicis Et Medicis

a.reyes @uniandes.edu.co

Profesor Asociado

Departamento de Ciencias Biológicas

Profile
Courses
Products
Degrees
Projects

Profile

Recent Courses

  • 2020

    • TUTORIAL ESPECIAL BIOL COMPUT

      First period
      Master Level

      BIOINFORMATICA

      Second period
      Master Level
View more

Recent Products

Hufsky F, Lamkiewicz K, Almeida A, Aouacheria A, Bateman A, Baumbach J, Beerenwinkel N, Brandt C, Cacciabue M, Chuguransky S, Drechsel O, Finn R, Fritz A, Fuchs S, Hattab G, Hauschild A, Heider D, Hoffmann M, Holzer M, Hoops S, Kaderali L, Kalvari I, von Kleist M, Kmiecinski R, Kuhnert D, Lasso G, Libin P, List M, Lochel H, Martin MJ, Martin R, Matschinske J, Mchardy A, Mendes P, Mistry J, Navratil V, Nawrocki E, O'Toole A, Palacios-Ontiveros N, Petrov A, Rangel G, Redaschi N, Reimering S, Reinert K, Reyes A, Richardson L, Robertson D, Sadegh S, Singer J, Theys K, Upton C, Welzel M, Williams L, Marz M. (2020)
Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research
Briefings in Bioinformatics (ISSN 1467-5463)
Article
Read More
Vasquez A, Reyes A, Duitama J, Gonzalez A. (2020)
Discovery of new potential CDK2/VEGFR2 type II inhibitors by fragmentation and virtual screening of natural products
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics  (ISSN 0739-1102)
Article
Read More
View more

Recent Degrees

Philosophiae Doctoris In Scientiis Biologicis Et Medicis

Doctoral degree

University Of Washington

2013

Estados Unidos

Magíster En Ciencias Biológicas: Área Microbiología

Master degree

Universidad De Los Andes

2005

Colombia

View more

Recent Projects

  • 2017
    • Aportes a la conservación del Oso Andino en Colombia

      Duration: 50 months

      PR.6.2017.4573

      Este documento presenta el proyecto “Aportes a la conservación del Oso Andino en Colombia” cuyo objetivo a largo plazo es proveer información relevante social, cultural y cientificamente que permita avanzar en los proceso de conservación sostenible del oso en Colombia. El proyecto cuenta con el apoyo de la Corporación Autónoma Regional de Cundinamarca.Las actividades propuestas se dividen en tres fases, y los logros en cada una de ellas definirá la continuidad hacia la siguiente.La primera fase se desarrollará en los años 2017 y 2018; la segunda en 2019; y la tercera en 2020 y 2021.Los investigadores responsables del proyecto son: Andrea Borbón, bióloga y microbióloga. Estudiante de Maestría en Ciencias Biológicas y en Biología Computacional.Alejandro Reyes, PhD. Profesor asociado, Departamento de Ciencias Biológicas.Susana Caballero, PhD. Profesora asociada, Departamento de Ciencias Biológicas.Martha Vives, PhD. Profesora asociada, Departamento de Ciencias Biológicas.Los objetivos son:1. Completar la caracterización de la microbiota intestinal de osos andinos silvestres y en cautiverio, y describir las rutas metabólicas asociadas al aprovechamiento de nutrientes en el microbioma intestinal de osos andinos silvestres y en cautiverio.2. Estandarizar el método de “meta-barcoding” para la caracterización de dieta de oso andino, a partir de muestras fecales y llevar a cabo la caracterización.3. Evaluar el estado genético de poblaciones de Oso andino distribuidas en el territorio CAR mediante el análisis de microsatélites y sexaje molecular.4. Establecer mecanismos de interacción con comunidades locales de la región para llevar a cabo el seguimiento y monitoreo de individuos.5. Realizar una evaluación preliminar para el establecimiento de comederos de oso andino, con base en la información recolectada en el estudio de dieta, microbiota intestinal y con la comunidad.

  • 2015
    • Efecto del uso de antibióticos en ambientes hospitalarios sobre las comunidades microbianas

      Duration: 36 months

      PR.6.2015.2342

      Los antibióticos se han utilizado por más de medio siglo en el tratamiento de enfermedades infecciosas. Desafortunadamente, y en parte debido al uso inapropiado de los mismos, hemos visto un incremento en la aparición de bacterias resistentes en hospitales y en la comunidad en general, hasta el punto de tener hoy en día poblaciones bacterianas resistentes a prácticamente todos los antibióticos disponibles en el mercado. Este escenario es muy preocupante puesto que representa un riesgo importante para la población al limitar las opciones de tratamiento. En este trabajo proponemos caracterizar la diversida de la resistencia a antibióticos, o el resistoma, en ambientes clínicos y su efecto en ambientes naturales. Para esto analizaremos muestras de aguas tomadas de lugares asociados con el uso de antibióticos y ambientes menos intervenidos y analizaremos el resistoma por métodos cultivo independientes, usando metagenómica funcional y secuenciación masiva, y por cultivo microbiológico tradicional para recuperación de bacterias. Con esta estrategia se obtendrá conocimiento sobre diferencias en abundancia y diversidad de resistencias de acuerdo al ambiente analizado. En paralelo, utilizaremos técnicas de cultivo microbiológico tradicional para obtener aislamientos de bacterias Gram-positivas y Gram-negativas resistentes a los mismos antibióticos, que luego pueden ser analizadas más a fondo. La comparación de estos dos tipos de ambientes nos permitirá estimar la prevalencia y diversidad de la resistencia presentes en poblaciones bacterianas sujetas a diferentes tipos de estrés selectivo. El conocimiento acerca de la presencia de resistencia en ambientes naturales, así como intervenidos, es importante para conocer si existe un posible riesgo para la población, información que puede servir como insumo para la comunidad científica y médica Colombiana en la formulación de políticas sobre el uso de antibióticos en hospitales, en la comunidad y por parte de la industria en general.

View more

Courses

  • 2020

    • TUTORIAL ESPECIAL BIOL COMPUT

      First period
      Master Level

      BIOINFORMATICA

      Second period
      Master Level

    • TESIS 2 - 4 CR

      Second period
      Master Level

      TESIS 2 - 8 CR

      Interseminal period
      Master Level

    • EBI BIOINFORMATICS TOOLS

      Second period
      Master Level

      TESIS 8 CR

      Second period
      Master Level

    • GENÓMICA Y BIOINFORMÁTICA

      Second period
      Bachelor Level

      SEMINARIOS INVESTIGACIÓN L.D.

      Second period
      Master Level
  • 2019

    • GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      Second period
      Bachelor Level

      TESIS 4 CR

      First period
      Master Level

    • TESIS 8 CR

      First period
      Master Level

      TESIS 2 - 4 CR

      First period
      Master Level

    • TESIS 2 - 8 CR

      First period
      Master Level

      ECOL.MICROB.Y HERRAM.ANA.BIOIN

      First period
      Master Level

    • SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.2

      First period
      Doctoral Level

      TUTORIAL ESPECIAL BIOL COMPUT

      Second period
      Master Level

    • TESIS 2 - 4 CR

      Second period
      Master Level

      TESIS 2 - 8 CR

      Interseminal period
      Master Level

    • TESIS 2 - 8 CR

      Second period
      Master Level

      TUTORIAL ESPECIAL BIOL COMPUT

      First period
      Master Level

    • POYECTO FINAL

      First period
      Master Level

      SEMINARIOS INVESTIGACION L.D.

      First period
      Master Level

    • TESIS 4 CR

      Second period
      Master Level

      POYECTO DE PROFUNDIZACIÓN

      Second period
      Master Level

    • BIOINFORMATICA

      Second period
      Master Level

      EBI BIOINFORMATICS TOOLS

      Second period
      Master Level

    • TESIS 8 CR

      Second period
      Master Level

      GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      First period
      Bachelor Level

    • SEMINARIOS INVESTIGACION L.D.

      Second period
      Master Level

      SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.2

      Second period
      Doctoral Level
  • 2018

    • GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      First period
      Bachelor Level

      SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.2

      Second period
      Doctoral Level

    • ECOL.MICROB.Y HERRAM.ANA.BIOIN

      First period
      Master Level

      EBI BIOINFORMATICS TOOLS

      Second period
      Master Level

    • SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.2

      First period
      Doctoral Level

      GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      Second period
      Bachelor Level

    • BIOINFORMATICA

      Second period
      Master Level

      BIOLOGIA Y MICROBIOLOGIA

      First trimester
      Specialization Level

    • TESIS 2 - 8 CR

      Second period
      Master Level

      TESIS 4 CR

      Second period
      Master Level

    • TESIS 8 CR

      Second period
      Master Level

      TESIS 2 - 4 CR

      Second period
      Master Level

    • POYECTO FINAL

      Second period
      Master Level
  • 2017

    • SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.2

      First period
      Doctoral Level

      BIOINFORMATICA

      Second period
      Master Level

    • GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      First period
      Bachelor Level

      SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.1

      First period
      Doctoral Level

    • SEMINARIO DE MICROBIOLOGIA

      First period
      Bachelor Level

      INDUCCION

      First period
      Bachelor Level

    • GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      Second period
      Bachelor Level

      BIOLOGIA Y MICROBIOLOGIA

      First trimester
      Specialization Level

    • ECOL.MICROB.Y HERRAM.ANA.BIOIN

      First period
      Master Level

      HERRAM.EBI BUS.ANALIS.DAT.BIOL

      Second period
      Master Level

    • SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.2

      Second period
      Doctoral Level
  • 2016

    • GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      First period
      Bachelor Level

      SEMINARIOS INVESTIGACION L.D.

      First period
      Master Level

    • TUTORIAL ESPECIAL BIOL COMPUT

      First period
      Master Level

      POYECTO FINAL

      First period
      Master Level

    • TESIS 4 CR

      First period
      Master Level

      BIOINFORMATICA

      First period
      Master Level

    • SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.1

      First period
      Doctoral Level

      FUNDAMENTOS DE BIOLOGIA MOLEC.

      First period
      Master Level

    • TESIS 8 CR

      First period
      Master Level

      BIOLOGIA CELULAR-TEO

      First period
      Bachelor Level

    • ECOL.MICROB.Y HERRAM.ANA.BIOIN

      First period
      Master Level

      SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.1

      Second period
      Doctoral Level

    • TESIS 4 CR

      Second period
      Master Level

      INDUCCION

      Second period
      Bachelor Level

    • BIOLOGIA Y MICROBIOLOGIA

      First trimester
      Specialization Level

      GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      Second period
      Bachelor Level

    • TESIS 8 CR

      Second period
      Master Level

      SEMINARIOS INVESTIGACION L.D.

      Second period
      Master Level

    • BIOLOGIA CELULAR-TEO

      Second period
      Bachelor Level

      INDUCCION

      First period
      Bachelor Level

    • POYECTO FINAL

      Second period
      Master Level

      SEMINARIO DE MICROBIOLOGIA

      Second period
      Bachelor Level

    • BIOINFORMATICA

      Second period
      Master Level
  • 2015

    • FUNDAMENTOS DE BIOLOGIA MOLEC.

      First period
      Master Level

      BIOLOGIA CELULAR-TEO

      First period
      Bachelor Level

    • GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      First period
      Bachelor Level

      SEMINARIOS INVESTIGACION L.D.

      First period
      Master Level

    • SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.1

      First period
      Doctoral Level

      GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      Second period
      Bachelor Level

    • TUTORIAL ESPECIAL BIOL COMPUT

      Second period
      Master Level

      SEMINARIOS INVESTIGACION L.D.

      Second period
      Master Level

    • FUNDAMENTOS DE BIOLOGIA MOLEC.

      Second period
      Master Level

      TESIS 4 CR

      Second period
      Master Level

    • POYECTO FINAL

      Second period
      Master Level

      BIOINFORMATICA

      Second period
      Master Level

    • SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.1

      Second period
      Doctoral Level

      BIOLOGIA CELULAR-TEO

      Second period
      Bachelor Level

    • POYECTO FINAL

      First period
      Master Level

      TESIS 8 CR

      Second period
      Master Level
  • 2014

    • SEMINARIOS INVESTIGACION L.D.

      First period
      Master Level

      SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.1

      First period
      Doctoral Level

    • SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.1

      Second period
      Doctoral Level

      BIOINFORMATICA

      Second period
      Master Level

    • SEMINARIOS INVESTIGACION L.D.

      Second period
      Master Level

      SEMIN.INVESTIGACION DOC. L.D.2

      First period
      Doctoral Level

    • BIOLOGIA CELULAR-TEO

      First period
      Bachelor Level

      BIOLOGIA CELULAR-TEO

      Second period
      Bachelor Level

    • GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      First period
      Bachelor Level

      GENOMICA Y BIOINFORMATICA

      Second period
      Bachelor Level
  • 2013

    • BIOLOGIA CELULAR-TEO

      Second period
      Bachelor Level

Products

Hufsky F, Lamkiewicz K, Almeida A, Aouacheria A, Bateman A, Baumbach J, Beerenwinkel N, Brandt C, Cacciabue M, Chuguransky S, Drechsel O, Finn R, Fritz A, Fuchs S, Hattab G, Hauschild A, Heider D, Hoffmann M, Holzer M, Hoops S, Kaderali L, Kalvari I, von Kleist M, Kmiecinski R, Kuhnert D, Lasso G, Libin P, List M, Lochel H, Martin MJ, Martin R, Matschinske J, Mchardy A, Mendes P, Mistry J, Navratil V, Nawrocki E, O'Toole A, Palacios-Ontiveros N, Petrov A, Rangel G, Redaschi N, Reimering S, Reinert K, Reyes A, Richardson L, Robertson D, Sadegh S, Singer J, Theys K, Upton C, Welzel M, Williams L, Marz M. (2020)
Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research
Briefings in Bioinformatics (ISSN 1467-5463)
Article
Read more
Vasquez A, Reyes A, Duitama J, Gonzalez A. (2020)
Discovery of new potential CDK2/VEGFR2 type II inhibitors by fragmentation and virtual screening of natural products
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics  (ISSN 0739-1102)
Article
Read more
Botero D, Monk J, Rodriguez M, Rodriguez A, Restrepo M, Bernal V, Reyes A, Gonzalez A, Palsson B, Restrepo S, Bernal A. (2020)
Genome-scale metabolic model of Xanthomonas phaseoli pv. manihotis: an approach to elucidate pathogenicity at the metabolic level
Frontiers in Genetics (ISSN 1664-8021)
Article
Read more
Chica L .Bacterial meta-analysis of chicken cecal microbiota. (2019).
Bacterial meta-analysis of chicken cecal microbiota
Thesis
Read more
Posada C.E. , Ramirez-Rojas A, Porras P, Adu-Oppong B, Botero-coy A, Hernandez F, Anzola J, Diaz L, Dantas G, Reyes A, Zambrano M. (2019)
Bogotá River anthropogenic contamination alters microbial communities and promotes spread of antibiotic resistance genes
SCIENTIFIC REPORTS (ISSN 2045-2322)
Article
Read more
Diaz J, Posada L, Acosta I, Ruiz C, Garcia C, Reyes A, Zambrano M. (2019)
Computational search for UV radiation resistance strategies in Deinococcus swuensis isolated from Paramo ecosystems
PLoS ONE (ISSN 1932-6203)
Article
Read more
Amann R, Baichoo S, Blencowe B, Bork P, Borodovsky M, Brooksbank C, Chain P, Colwell R, Daffonchio D, Danchin A, de Lorenzo V, Dorrestein P, Finn R, Fraser C, Gilbert J, Hallam S, Hugenholtz P, Ioannidis J, Jansson J, Kim J, Klenk H, Klotz M, Knight R, Konstantinidis K, Kyrpides N, Mason C, Mchardy A, Meyer F, Ouzounis C, Patrinos A, Podar M, Pollard K, Ravel J, Reyes A, Roberts R, Rossello-Mora R, Sansone S, Schloss P, Schriml L, Setubal J, Sorek R, Stevens R, Tiedje J, Turjanski A, Tyson G, Ussery D, Weinstock G. M., White O, Whitman W, Xenarios I. (2019)
Consent insufficient for data release−Response
Science (ISSN 0036-8075)
Article
Read more
Andrade J, Moreno J, Reyes A. (2019)
Defining a Core Genome for the Herpesvirales and Exploring their Evolutionary Relationship with the Caudovirales
SCIENTIFIC REPORTS (ISSN 2045-2322)
Article
Read more
Matiz L .Evaluación de Marcadores Genéticos de Plantas por medio de Clasificadores Bayesianos para su implementación en metagénomas. (2019).
Evaluación de Marcadores Genéticos de Plantas por medio de Clasificadores Bayesianos para su implementación en metagénomas
Thesis
Read more
Edwards R, Vega A, Norman H, Ohaeri M, Levi K, Dinsdale E, Cinek O, Aziz R, Mcnair K, Barr J, Bibby K, Brouns S, Cazares A, de Jonge P, Desnues C, Diaz S, Fineran P, Kurilshikov A, Lavigne R, Mazankova K, Mccarthy D, Nobrega F, Reyes A, Tapia G, Trefault N, Tyakht A, Vinuesa P, Wagemans J, Zhernakova A, Moller F, Ahmadov G, Alassaf A, Anton J, Asangba A, Billings E, Cantu V, Carlton J, Cazares D, Cho G, Condeff T, Cortes P, Cranfield M, Cuevas D, De la Iglesia R, Decewicz P, Doane M, Dominy N, Dziewit L, Elwasila B, A. Murat E, Franz C, Fu J, Garcia-Aljaro C, Ghedin E, Gulino K, Haggerty J, Head S, Hendriksen R, Hill C, Hyoty H, Ilina E, Irwin M, Jeffries T, Jofre J, Junge R, Kelley S, Mirzaei M, Kowalewski M, Kumaresan D, Leigh S, Lipson D, Lisitsyna E, Llagostera M, Maritz J, Marr L, Mccann A, Molshanski-Mor S, Monteiro S, Moreira-Grez B, Morris M, Mugisha L, Muniesa, M, Neve H, Nguyen N, Nigro O, Nilsson A, O'connell T, Odeh R, Oliver A, Piuri M, Prussin A, Qimron U, Quan Z, Rainetova P, Ramirez-Rojas A, Raya R, Reasor K, Rice G, Rossi A, Santos R, Shimashita J, Stachler E, Stene L, Strain R, Stumpf R, Torres P, Twaddle A, Ugochi M, Villagra N, Wandro S, White B, Whiteley A, Whiteson K, Wijmenga C, Zambrano M, Zschach H, Dutilh B. (2019)
Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage
Nature Microbiology (ISSN 2058-5276)
Article
Read more
Roux S, Adriaenssens EM, Dutilh B, Koonin EV, Kropinski A, Krupovic M, Kuhn J, Lavigne R, Brister JR, Varsani A, Amid C, Aziz R, Bordenstein SR, Bork P, Breitbart M, Cochrane GR, Daly RA, Desnues C, Duhaime MB, Emerson JB, Enault F, Fuhrman JA, Hingamp P, Hugenholtz P, Hurwitz BL, Ivanova NN, Labonte JM, Lee KB, Malmstrom RR, Martinez-garcia M, Mizrachi I, Ogata H, Paez-Espino D, Petit MA, Putonti C, Rattei T, Reyes A, Rodriguez-Valera F, Rosario K, Schriml L, Schulz F, Steward GF, Sullivan MB, Sunagawa S, Suttle C, Temperton B, Tringe S, Vega-Thurber R, Webster N, Whiteson K, Wilhelm SW, Wommack KE, Woyke T, Wrighton K, Yilmaz P, Yoshida T, Young MJ, Yutin N, Zeigler L, Kyrpides N, Eloe-Fadrosh EA. (2019)
Minimum information about an uncultivated virus genome (MIUVIG)
Nature Biotechnology (ISSN 1087-0156)
Article
Read more
Forero L .Pipeline design for user-friendly viral metagenomic analysis. (2019).
Pipeline design for user-friendly viral metagenomic analysis
Thesis
Read more
Amann R, Baichoo S, Blencowe B, Bork P, Borodovsky M, Brooksbank C, Chain P, Colwell R, Daffonchio D, Danchin A, de Lorenzo V, Dorrestein P, Finn R, Fraser C, Gilbert J, Hallam S, Hugenholtz P, Ioannidis J, Jansson J, Kim J, Klenk H, Klotz M, Knight R, Konstantinidis K, Kyrpides N, Mason C, Mchardy A, Meyer F, Ouzounis C, Patrinos A, Podar M, Pollard K, Ravel J, Reyes A, Roberts R, Rossello-Mora R, Sansone S, Schloss P, Schriml L, Setubal J, Sorek R, Stevens R, Tiedje J, Turjanski A, Tyson G, Ussery D, Weinstock G. M., White O, Whitman W, Xenarios I. (2019)
Toward unrestricted use of public genomic data
Science (ISSN 0036-8075)
Article
Read more
Moreno J, Chou S, Di Rienzi SC, Goodrich JK, Spector T, Bell J, Youngblut N, Hewson I, Reyes A, Ley RE. (2019)
Virome Diversity Correlates with Intestinal Microbiome Diversity in Adult Monozygotic Twins
Cell Host & Microbe (ISSN 1931-3128)
Article
Read more
Ayala D .Comparative genomics of Phytophthora betacei and Phytophthora infestans reveals genome expansion due to extensive gene duplication but not repetitive elements in a novel species.. (2018).
Comparative genomics of Phytophthora betacei and Phytophthora infestans reveals genome expansion due to extensive gene duplication but not repetitive elements in a novel species.
Thesis
Read more
Diaz J .Computational search of UV radiation resistance strategies in Deinococcus swuensis, isolated from Paramo ecosystems.. (2018).
Computational search of UV radiation resistance strategies in Deinococcus swuensis, isolated from Paramo ecosystems.
Thesis
Read more
Restrepo L, Reyes A, Bajaña L, Betancourt I, Bayot B. (2018)
Draft Genome Sequence of a White Spot Syndrome Virus Isolate Obtained in Ecuador
Genome Announcements (ISSN 2169-8287)
Article
Read more
Andrade J .Exploring the Caudovirales: Evaluation of their Internal Classification and Potential Relationships with the Tectiviridae. (2018).
Exploring the Caudovirales: Evaluation of their Internal Classification and Potential Relationships with the Tectiviridae
Thesis
Read more
Castro-Mejia J, Deng L, Vogensen F, Reyes A, Nielsen D. (2018)
Extraction and Purification of Viruses from Fecal Samples for Metagenome and Morphology Analyses
The Human Virome (ISBN 978-1-4939-8681-1)
Inbook
Read more
Gonzalez F, Bongaerts P, Ramirez C, Adu-Oppong B, Walljasper G, Reyes A, Sanchez J. (2018)
Holobiont diversity in a reef-building coral over its entire depth range in the mesophotic zone
Frontiers in Marine Science (ISSN 2296-7745)
Article
Read more
Borbon A .Impacts of captivity in the gut microbiota of Andean bears: Insights into diet management.. (2018).
Impacts of captivity in the gut microbiota of Andean bears: Insights into diet management.
Thesis
Read more
Ulloa C .In silico RAD-Seq as a possible tool for ancestry determination: an application in Helicobacter pylori. (2018).
In silico RAD-Seq as a possible tool for ancestry determination: an application in Helicobacter pylori
Thesis
Read more
Quintanilla E, Ramirez C, Adu-Oppong B, Walljasper G, Glaeser S, Wilke T, Reyes A, Sanchez J. (2018)
Local confinement of disease-related microbiome facilitates recovery of gorgonian sea fans from necrotic-patch disease
SCIENTIFIC REPORTS (ISSN 2045-2322)
Article
Read more
Avellaneda L .Metagenomic analysis of the human gut virome in obese and lean twins and their mothers.. (2018).
Metagenomic analysis of the human gut virome in obese and lean twins and their mothers.
Thesis
Read more
Pardo E .Phage-Hunting: Mapping viromes against 8000 bacterial genomes. (2018).
Phage-Hunting: Mapping viromes against 8000 bacterial genomes
Thesis
Read more
Restrepo L, Bayot B, Arciniegas S, Bajana L, Betancourt I, Panchana F, Reyes A. (2018)
PirVP genes causing AHPND identified in a new Vibrio species (Vibrio punensis) within the commensal Orientalis clade
SCIENTIFIC REPORTS (ISSN 2045-2322)
Article
Read more
Pacheco M .STUDY OF THE MICROBIOTA ASSOCIATED TO THE FERMENTATION OF COCOA BEANS IN TWO AGROECOLOGICAL ZONES FROM COLOMBIA. (2018).
STUDY OF THE MICROBIOTA ASSOCIATED TO THE FERMENTATION OF COCOA BEANS IN TWO AGROECOLOGICAL ZONES FROM COLOMBIA
Thesis
Read more
Rodriguez G, Caro A, Reyes A, Lizcano F. (2017)
Advances in gut microbiome research, opening new strategies to cope with a western lifestyle
Frontiers in Microbiology (ISSN 1664-302X)
Article
Read more
Posada C.E. .Anthropogenic Contamination Effects on the Bogotá River Resistome. (2017).
Anthropogenic Contamination Effects on the Bogotá River Resistome
Thesis
Read more
Borbon A, Reyes A, Vives M, Caballero S. (2017)
Captivity shapes the gut microbiota of Andean bears: Insights into health surveillance
Frontiers in Microbiology (ISSN 1664-302X)
Article
Read more
Reyes A.
Caracterizando el viroma humano, retos y avances computacionales
Event
Read more
Buitrago F, Casallas R, Hernandez M, Reyes A, Restrepo S, Danies G. (2017)
Changing a Generation’s Way of Thinking: Teaching Computational Thinking Through Programming
Review of Educational Research (ISSN 0034-6543)
Article
Read more
Reyes A.
Computational biology and tools for uncovering hidden information from the viral dark matter
Event
Read more
Andrade J .Defining a Core Genome for the Herpesvirales and Elucidating their Evolutionary Relationship with the Caudovirales. (2017).
Defining a Core Genome for the Herpesvirales and Elucidating their Evolutionary Relationship with the Caudovirales
Thesis
Read more
Dutilh B, Whiteson K, Hall R, Reyes A. (2017)
Editorial: Virus discovery by metagenomics: The (Im)possibilities
Frontiers in Microbiology (ISSN 1664-302X)
Article
Read more
Reyes A.
El viroma intestinal humano y su rol en salud y malnutrición
Event
Read more
Reyes A.
Exploring the gut virome: New challenges, New tools
Event
Read more
Correa C .Genome mining and comparative genomics of Actinobacteria isolated from Zipaquirá salt mine and soils in Los Nevados NNP, Colombia. (2017).
Genome mining and comparative genomics of Actinobacteria isolated from Zipaquirá salt mine and soils in Los Nevados NNP, Colombia
Thesis
Read more
Otero D .Genome mining for the identification of secondary metabolites and alternative metabolic pathway modelling in Actinobacteria isolates. (2017).
Genome mining for the identification of secondary metabolites and alternative metabolic pathway modelling in Actinobacteria isolates
Thesis
Read more
Martinez M .Graphing genomes in 2D, applications of multivariate statistics on the genomic composition. (2017).
Graphing genomes in 2D, applications of multivariate statistics on the genomic composition
Thesis
Read more
Reyes A, Alves J, Durham A, Gruber A. (2017)
Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights
Advances in Genomics and Genetics (ISSN 1179-9870)
Article
Read more
Ortega O .Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas. (2016).
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas
Thesis
Read more
Alzate J .Bioinformatics workflow and assessment of software to seek secondary metabolites in Bacteria. (2016).
Bioinformatics workflow and assessment of software to seek secondary metabolites in Bacteria
Thesis
Read more
Moreno J .Búsqueda de regiones informativas en genomas virales.. (2016).
Búsqueda de regiones informativas en genomas virales.
Thesis
Read more
Reyes A.
Characterizing the gut virome:New challenges, New tools
Event
Read more
Reyes A.
Characterizing the human gut virome
Other
Reyes A.
Curso: Bacteriófagos como modelo para el análisis de datos biológicos a gran escala
Other
Read more
Reyes A.
El viroma intestinal, un ecosistema dominado por fagos
Event
Read more
Reyes A.
Exploring the human virome, new tools, new insights
Event
Read more
Alves J, de Oliveira A., Sandberg T, Moreno J, De Toledo M., De Moura E., Oliveira L, Durham A, Mehnert D, Zanotto P, Reyes A, Gruber A. (2016)
GenSeed-HMM: A tool for progressive assembly using profile HMMS as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data
Frontiers in Microbiology (ISSN 1664-302X)
Article
Read more
Reyes A.
La Microbiota Humana, conociéndonos desde una nueva perspectiva
Event
Read more
Luque G .Taxonomic Assignment of 16S rRNA Sequences Based on Fourier Analysis. (2016).
Taxonomic Assignment of 16S rRNA Sequences Based on Fourier Analysis
Thesis
Read more
Reyes A.
Theoretical and practical approaches to metagenomics and viral discovery
Other
Read more
Reyes A.
16S amplicon metagenomes analysis
Other
Read more
Reyes A.
Amplicon sequencing Experimental Design and preprocessing
Other
Read more
Martinez M .GRAFICANDO GENOMAS EN 2D Y A TODO COLOR, APLICACIONES DE LA ESTADI?STICA MULTIVARIADA SOBRE LA COMPOSICIO?N GENO?MICA. (2015).
GRAFICANDO GENOMAS EN 2D Y A TODO COLOR, APLICACIONES DE LA ESTADI?STICA MULTIVARIADA SOBRE LA COMPOSICIO?N GENO?MICA
Thesis
Reyes A, Blanton L, Cao S, Zhao G, Manary M, Trehan I, Smith M, Wang D, Virgin H, Rohwer F, Gordon J. (2015)
Gut DNA viromes of Malawian twins discordant for severe acute malnutrition
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (ISSN 0027-8424)
Article
Read more
Reyes A.
Next Generation Sequencing Technologies and applications II
Other
Read more
Reyes A.
Phage Biology: Another Century Creating New Sciences
Event
Read more
Reyes A.
Phages in the human gut microbiome
Event
Read more
Reyes A.
Retos y nuevas herramientas en el análisis del microbioma y viroma intestinal humano
Event
Read more
Reyes A.
Shotgun Metagenomes: Assembly and annotation
Other
Read more
Reyes A.
Shotgun Metagenomes: Experimental design and data preprocessing
Other
Read more
Karr J, Williams A, Zucker J, Raue A, Steiert B, Timmer J, Kreutz C, Wilkinson S, Allgood B, Bot B, Hoff B, Kellen M, Covert M, Stolovitzky G, Meyer P, Hu Y, Baron M, Bryson K, Barker B, Bogart E, Wang Y, Chandramohan D, Huang L, Zawack K, Shestov A, Makadia H, Decicco D, Yin A, Wang M, Li S, Swistak M, Cygan M, Kazakiewicz D, Kursa M, Korytkowski P, Plewczynski D, Yang J, Li Y, Tang H, Wang T, Liu Y, Xie Y, Xiao G, Bello J, Botero D, Cañas S, Castro J, Gomez F, Valdes I, Gonzalez L, Bernal A, Pedraza J, Restrepo S, Reyes A. (2015)
Summary of the DREAM8 Parameter Estimation Challenge: Toward Parameter Identification for Whole-Cell Models
PLoS Computational Biology (ISSN 1553-734X)
Article
Read more
Barrera L .Tamizaje in silicio de moléculas biosurfactantes a partir de una librería metagenómica. (2015).
Tamizaje in silicio de moléculas biosurfactantes a partir de una librería metagenómica
Thesis
Reyes A.
Types of metagenomes, microbial diversity and amplicon sequencing
Other
Read more
Seedorf H, Griffin N, Ridaura V, Reyes A, Cheng J, Rey F, Smith M, Simon G, Scheffrahn R, Woebken D, Spormann A, Van Treuren W, Ursell L, Pirrung M, Robbins-Pianka A, Cantarel B, Lombard V, Henrissat B, Knight R, Gordon J. (2014)
Bacteria from Diverse Habitats Colonize and Compete in the Mouse Gut
Cell (ISSN 0092-8674)
Article
Read more
Borbon A, Reyes A, Vives M, Caballero S. (2014)
COMPOSICIÓN DE LA MICROBIOTA INTESTINAL DE Tremarctos ornatus A PARTIR DE HECES‚ E IMPLICACIONES EN SU ECOLOGÍA ALIMENTARIA
IV CONGRESO COLOMBIANO DE ZOOLOGÍA X CONGRESO LATINOAMERICANO DE HERPETOLOGIA X CONGRESO DE LA SOCIEDAD LATINOAMERICANA DE ESPECIALISTAS EN MAMÍFEROS ACUÁTICOS (SOLAMAC) VII ENCUENTRO COLOMBIANO SOBRE ABEJAS SILVESTRES
Inproceeding
Read more
Lopez I, Reyes A, Restrepo S, Zambrano M, Gonzalez A. (2014)
Computational tool for in silico metagenomic screening of biosurfactants
XXVII Congreso Interamericano de Ingenieria Química.
Inproceeding
Read more
Lopez I, Reyes A, Zambrano M, Gonzalez A, Restrepo S. (2014)
Computational tool for in silico screening of biosurfactants in metagenomic libraries. ISCB-Latin American x-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio! Octuber 28-30 2014, Belo Horizonte, Brazil
Other Publication
Read more
Reyes A.
Efecto del uso de antibióticos en ambientes hospitalarios sobre las comunidades microbianas
Colciencias.
Proposal
Dorsett Y, Zhou Y, Tubbs A. T., Chen Bo-Ruei, Purman C, Lee Baeck-Seung, George R, Bredemeyer A.L., Dorsett D, Misulovin Z, Sodergen E, Weinstock G. M., Reyes A, Payton J.E., Sleckman B. P.. (2014)
HCoDES reveals chromosomal DNA ends structures with single nucleotide resolution
MOLECULAR CELL (ISSN 1097-2765)
Article
Read more
Reyes A.
Human gut virome in lean and obese twins.
Event
Read more
Ramirez C, Dueñas L, Calixto I, Riaño D, Reyes A, Sanchez J. (2014)
THE QUEST FOR IMMUNE SIGNALS IN BASAL METAZOANS: GENOMIC LEVEL SCREENING OF IMMUNE RESPONSE IN GORGONIAN OCTOCORALS
IV CONGRESO COLOMBIANO DE ZOOLOGÍA X CONGRESO LATINOAMERICANO DE HERPETOLOGIA X CONGRESO DE LA SOCIEDAD LATINOAMERICANA DE ESPECIALISTAS EN MAMÍFEROS ACUÁTICOS (SOLAMAC) VII ENCUENTRO COLOMBIANO SOBRE ABEJAS SILVESTRES
Inproceeding
Read more
Lim E. S., Reyes A, Martin A, Saha D, Ikumapayi U. N.A., Adeyemi M, Stine O, Skelton R, Brennan D, Mkakosya R, Manary M. J., Gordon J. I., Wang D. (2013)
Corrigendum to "Discovery of STL polyomavirus, a polyomavirus of ancestral recombinant origin that encodes a unique T antigen by alternative splicing" [Virology 436 (2) (2013) 295-303] (Erratum)
VIROLOGY (ISSN 0042-6822)
Article
Read more
Lim E. S., Reyes A, Martin A, Saha D, Ikumapayi U. N.A., Adeyemi M, Stine O, Skelton R, Brennan D, Mkakosya R, Manary M, Gordon J. I., Wang D. (2013)
Discovery of STL polyomavirus, a polyomavirus of ancestral recombinant origin that encodes a unique T antigen by alternative splicing
VIROLOGY (ISSN 0042-6822)
Article
Read more
Reyes A, Wu M, Mcnulty N, Rohwer F, Gordon J. I.. (2013)
Gnotobiotic mouse model of phage-bacterial host dynamics in the human gut
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (ISSN 0027-8424)
Article
Read more
Reyes A, Sandoval A, Cubillos Ruiz A, Varley K. E., Hernandez Neuta I, Samper S, Martin C, Garcia M. J., Ritacco V, Lopez L, Robledo J, Zambrano M, Mitra R. D., Del Portillo P.. (2012)
IS-seq: a novel high throughput survey of in vivo IS6110 transposition in multiple Mycobacterium tuberculosis genomes
BMC Genomics (ISSN 1471-2164)
Article
Read more
Siebrasse E. A., Reyes A, Lim E. S., Zhao G, Mkakosya R. S., Manary M. J., Gordon J. I., Wang D. (2012)
Identification of MW Polyomavirus, a Novel Polyomavirus in Human Stool
JOURNAL OF VIROLOGY (ISSN 0022-538X)
Article
Read more
Kim H, Huh J, Riles L, Reyes A, Fay J. (2012)
A noncomplementation screen for quantitative trait alleles in saccharomyces cerevisiae.
G3-GENES GENOMES GENETICS (ISSN 2160-1836)
Article
Read more
Zambrano M, Hernandez Neuta G, Hernandez Neuta I, Sandoval A, Cubillos Ruiz A, Reyes A, Del Portillo P.. (2012)
Genomic Variability of Mycobacterium tuberculosis
Understanding Tuberculosis - Deciphering the Secret Life of the Bacilli (ISBN 978-953-307-946-2)
Inbook
Read more
Reyes A, Semenkovich N. P., Whiteson K, Rohwer F, Gordon J. I.. (2012)
Going viral: nextgeneration sequencing applied to phage populations in the human gut.
NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY (ISSN 1740-1526)
Article
Read more
Forsberg K, Reyes A, Wang B, Selleck E, Sommer M, Dantas G. (2012)
The Shared Antibiotic Resistome of Soil Bacteria and Human Pathogens
Science (ISSN 0036-8075)
Article
Read more
Goodman A. L., Kallstrom G, Faith J. J., Reyes A, Moore A, Dantas G, Gordon J. I.. (2011)
Extensive personal human gut microbiota culture collections characterized and manipulated in gnotobiotic mice
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (ISSN 0027-8424)
Article
Read more
Reyes A, Haynes M, Hanson N, Angly F. E., Heath A. C., Rohwer F, Gordon J. I.. (2010)
Viruses in the faecal microbiota of monozygotic twins and their mothers
Nature (ISSN 0028-0836)
Article
Read more
Garcia J. C., Reyes A, Salazar M, Granja C. B.. (2009)
Differential gene expression in White Spot Syndrome Virus (WSSV)-infected naive and previously challenged Pacific white shrimp Penaeus (Litopenaeus) vannamei
AQUACULTURE (ISSN 0044-8486)
Article
Read more
Olano J, Lopez B, Reyes A, Lemos M, Correa N, Del Portillo P., Barrera L, Robledo J, Ritacco V, Zambrano M. (2007)
Mutations in DNA repair genes are associated with the Haarlem lineage of Mycobacterium tuberculosis independently of their antibiotic resistance
TUBERCULOSIS (ISSN 1472-9792)
Article
Read more
Del Portillo P., Reyes A, Salazar L, Menendez M, Garcia M. J.. (2007)
Genomics and Proteomics en Tuberculosis 2007, Palomino JC, Leão S, Ritacco V (Ed.)
Other Publication
Read more
Reyes A, Salazar M, Granja C. B.. (2007)
Temperature modifies gene expression in subcuticular epithelial cells of white spot syndrome virus-infected Litopenaeus vannamei
DEVELOPMENTAL AND COMPARATIVE IMMUNOLOGY (ISSN 0145-305X)
Article
Read more

Degrees

  • Philosophiae Doctoris In Scientiis Biologicis Et Medicis

    Doctoral degree

    University Of Washington

    2013

    Estados Unidos

    Magíster En Ciencias Biológicas: Área Microbiología

    Master degree

    Universidad De Los Andes

    2005

    Colombia

  • Microbiólogo

    Bachelor degree

    Universidad De Los Andes

    2004

    Colombia

Projects

  • 2017
    • Aportes a la conservación del Oso Andino en Colombia

      Duration: 50 months

      PR.6.2017.4573

      Este documento presenta el proyecto “Aportes a la conservación del Oso Andino en Colombia” cuyo objetivo a largo plazo es proveer información relevante social, cultural y cientificamente que permita avanzar en los proceso de conservación sostenible del oso en Colombia. El proyecto cuenta con el apoyo de la Corporación Autónoma Regional de Cundinamarca.Las actividades propuestas se dividen en tres fases, y los logros en cada una de ellas definirá la continuidad hacia la siguiente.La primera fase se desarrollará en los años 2017 y 2018; la segunda en 2019; y la tercera en 2020 y 2021.Los investigadores responsables del proyecto son: Andrea Borbón, bióloga y microbióloga. Estudiante de Maestría en Ciencias Biológicas y en Biología Computacional.Alejandro Reyes, PhD. Profesor asociado, Departamento de Ciencias Biológicas.Susana Caballero, PhD. Profesora asociada, Departamento de Ciencias Biológicas.Martha Vives, PhD. Profesora asociada, Departamento de Ciencias Biológicas.Los objetivos son:1. Completar la caracterización de la microbiota intestinal de osos andinos silvestres y en cautiverio, y describir las rutas metabólicas asociadas al aprovechamiento de nutrientes en el microbioma intestinal de osos andinos silvestres y en cautiverio.2. Estandarizar el método de “meta-barcoding” para la caracterización de dieta de oso andino, a partir de muestras fecales y llevar a cabo la caracterización.3. Evaluar el estado genético de poblaciones de Oso andino distribuidas en el territorio CAR mediante el análisis de microsatélites y sexaje molecular.4. Establecer mecanismos de interacción con comunidades locales de la región para llevar a cabo el seguimiento y monitoreo de individuos.5. Realizar una evaluación preliminar para el establecimiento de comederos de oso andino, con base en la información recolectada en el estudio de dieta, microbiota intestinal y con la comunidad.

  • 2015
    • Efecto del uso de antibióticos en ambientes hospitalarios sobre las comunidades microbianas

      Duration: 36 months

      PR.6.2015.2342

      Los antibióticos se han utilizado por más de medio siglo en el tratamiento de enfermedades infecciosas. Desafortunadamente, y en parte debido al uso inapropiado de los mismos, hemos visto un incremento en la aparición de bacterias resistentes en hospitales y en la comunidad en general, hasta el punto de tener hoy en día poblaciones bacterianas resistentes a prácticamente todos los antibióticos disponibles en el mercado. Este escenario es muy preocupante puesto que representa un riesgo importante para la población al limitar las opciones de tratamiento. En este trabajo proponemos caracterizar la diversida de la resistencia a antibióticos, o el resistoma, en ambientes clínicos y su efecto en ambientes naturales. Para esto analizaremos muestras de aguas tomadas de lugares asociados con el uso de antibióticos y ambientes menos intervenidos y analizaremos el resistoma por métodos cultivo independientes, usando metagenómica funcional y secuenciación masiva, y por cultivo microbiológico tradicional para recuperación de bacterias. Con esta estrategia se obtendrá conocimiento sobre diferencias en abundancia y diversidad de resistencias de acuerdo al ambiente analizado. En paralelo, utilizaremos técnicas de cultivo microbiológico tradicional para obtener aislamientos de bacterias Gram-positivas y Gram-negativas resistentes a los mismos antibióticos, que luego pueden ser analizadas más a fondo. La comparación de estos dos tipos de ambientes nos permitirá estimar la prevalencia y diversidad de la resistencia presentes en poblaciones bacterianas sujetas a diferentes tipos de estrés selectivo. El conocimiento acerca de la presencia de resistencia en ambientes naturales, así como intervenidos, es importante para conocer si existe un posible riesgo para la población, información que puede servir como insumo para la comunidad científica y médica Colombiana en la formulación de políticas sobre el uso de antibióticos en hospitales, en la comunidad y por parte de la industria en general.

  • 2013
    • Estudios metagenómicos y computacionales para la caracterización de poblaciones virales asociadas a la microbiota intestinal.

      Duration: 36 months

      PR.3.2013.1500